Sebelum macetnya perundingan Renville sudah ada tanda-tanda bahwa Belanda akan melanggar persetujuan Renville. Oleh karena itu, pemerintah RI dan TNI sudah memperhitungkan bahwa sewaktu-waktu Belanda akan melakukan aksi militernya untuk menghancurkan RI dengan kekuatan senjata. Untuk menghadapi kekuatan Belanda, maka dibentuk Markas Besar Komando Djawa (MBKD) yang dipimpin oleh A.H. Nasution dan Hidayat.
Seperti yang telah diduga sebelumnya, pada tanggal 19 Desember 1948 Belanda melancarkan agresinya yang kedua. Sebelum pasukan Belanda bergerak lebih jauh, Van Langen (Wakil Jenderal Spoor) berbisik kepada Van Beek (komandan lapangan agresi II): “overste tangkap Sukarno, Hatta, dan Sudirman, mereka bertiga masih ada di istana”, demikian perintah pimpinan Belanda terhadap Van Beek untuk menangkap ketiga pimpinan nasional kita. Agresi militer II itu telah menimbulkan bencana militer dan politik, baik bagi Belanda maupun Indonesia. Walaupun Belanda tampak memperoleh kemenangan dengan mudah, tetapi sebenarnya membayar cukup mahal. Serangan Belanda ini telah menuai kritik dari berbagai negara. Dengan taktik perang kilat, Belanda melancarkan serangan di semua front RI. Serangan diawali dengan penerjunan pasukan-pasukan payung di Pangkalan Udara Maguwo dan dengan cepat berhasil menduduki ibu kota Yogyakarta. Presiden Sukarno dan Wakil Presiden Hatta memutuskan untuk tetap tinggal di ibukota, meskipun mereka tahu akan ditawan musuh. Alasannya, agar mereka dengan mudah ditemui oleh TNI, sehingga kegiatan diplomasi dapat berjalan terus. Di samping itu, Belanda tidak mungkin melancarkan serangan secara terus-menerus, karena Presiden dan Wakil Presiden sudah ada di tangan musuh.
Sebagai akibat dari keputusan untuk tetap tinggal di ibu kota, Presiden Sukarno dan Wakil Presiden Hatta beserta sejumlah Menteri, Kepala Staf Angkatan Udara Komodor Suryadarma dan lainnya juga ikut ditawan tentara Belanda. Namun, kelangsungan pemerintahan RI dapat dilanjutkan dengan baik, karena sebelum pihak Belanda sampai di Istana, Presiden Sukarno telah berhasil mengirimkan radiogram yang berisi mandat kepada Menteri Kemakmuran Syafruddin Prawiranegara yang sedang melakukan kunjungan ke Sumatra untuk membentuk Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI). Perintah sejenis juga diberikan kepada Mr. A.A. Maramis yang sedang di India. Apabila Syafruddin Prawiranegara ternyata gagal melaksanakan kewajiban pemerintah pusat, maka Maramis diberi wewenang untuk membentuk pemerintah pelarian (Exile Goverment) di luar negeri.
Sementara itu, Panglima Besar Jenderal Sudirman yang sedang sakit harus dirawat oleh dr. Suwondo selaku dokter pribadinya di rumah di kampung Bintaran. Setelah mendengar Belanda melancarkan serangan, Jenderal Sudirman seperti timbul semangat baru. Ia mengingat janjinya saat menguncapkan sumpah saat dilantik sebagai panglima TNI akan memperjuangkan kedaulatan dan keutuhan NKRI sampai titik darah yang penghabisan. Maka ia bangkit dari tempat tidur dengan berucap: “komando kembali saya ambil alih”. Semua pasukan siap sesuai strategi yang telah direncanakan. Sudirman segera menuju istana Presiden di Gedung Agung. Rencananya untuk mengajak Presiden dan pimpinan yang lain untuk meninggalkan kota untuk bergerilya. Tetapi Presiden Sukarno tidak bersedia dan akan tetap di istana, sehingga akhirnya ditangkap Belanda.
Ketika mengetahui Presiden, Wakil Presiden, dan beberapa pemimpin lainnya ditangkap Belanda, maka Jenderal Sudirman dengan para pengawalnya pergi ke luar kota untuk mengadakan perang gerilya. Para ajudan yang menyertai Jenderal Sudirman, antara lain Suparjo Rustam dan Cokropranolo, dr. Suwondo. Sedangkan pasukan di bawah pimpinan Letkol Soeharto terus berusaha menghambat gerak maju pasukan Belanda. Sebelum berangkat ke luar kota Sudirman sempat memerintahkan Kapten Suparjo Rustam untuk menyampaikan sebuah perintah kilat dari panglima melalui RRI Yogyakarta yang ditujukan kepada semua anggota Angkatan Perang Republik Indonesia (APRI), yang konsepnya sudah ditulis tangan sendiri oleh Panglima Besar Sudirman. Isi perintah kilat itu sebagai berikut:
Aksi militer Belanda yang kedua ini ternyata menarik perhatian PBB, karena Belanda secara terang-terangan tidak mengikuti lagi Persetujuan Renville di depan Komisi Tiga Negara yang ditugaskan oleh PBB. Pada tanggal 24 Januari 1949, Dewan Keamanan PBB membuat resolusi, agar Republik Indonesia dan Belanda segera menghentikan permusuhan dan membebaskan Presiden RI dan para pemimpin politik yang ditawan Belanda. Kegagalan Belanda di medan pertempuran serta tekanan dari AS yang mengancam akan memutuskan bantuan ekonomi dan keuangan, memaksa Belanda untuk kembali ke meja perundingan.
Peran PDRI : Penjaga Eksistensi RI
Pada saat terjadi agresi militer Belanda II, Presiden Sukarno telah membuat mandat kepada Syafruddin Prawiranegara yang ketika itu berada di Bukittinggi untuk membentuk pemerintah darurat. Sukarno mengirimkan mandat serupa kepada Mr. Maramis dan Dr. Sudarsono yang sedang berada di New Delhi, India apabila pembentukan PDRI di Sumatra mengalami kegagalan. Namun, Syafruddin berhasil mendeklarasi berdirinya Pemerintah Darurat Republik Indonesia ini dilakukan di Kabupaten Lima Puluh Kota pada tanggal 19 Desember 1948.
Susunan pemerintahannya antara lain sebagai berikut:
Sungguh heroik perjalanan Sudirman. Ia telah menempuh perjalanan kurang lebih 1000 km. Waktu gerilya mencapai enam bulan dengan penuh derita, lapar dan dahaga. Sudirman tidak lagi memikirkan harta, jiwa dan raganya semua dikorbankan demi tegaknya kedaulatan bangsa dan negara. Sekalipun dalam keadaan sakit, Sudirman terus memberi semangat anak buahnya untuk berjuang melawan kelicikan Belanda.
Seperti yang telah diduga sebelumnya, pada tanggal 19 Desember 1948 Belanda melancarkan agresinya yang kedua. Sebelum pasukan Belanda bergerak lebih jauh, Van Langen (Wakil Jenderal Spoor) berbisik kepada Van Beek (komandan lapangan agresi II): “overste tangkap Sukarno, Hatta, dan Sudirman, mereka bertiga masih ada di istana”, demikian perintah pimpinan Belanda terhadap Van Beek untuk menangkap ketiga pimpinan nasional kita. Agresi militer II itu telah menimbulkan bencana militer dan politik, baik bagi Belanda maupun Indonesia. Walaupun Belanda tampak memperoleh kemenangan dengan mudah, tetapi sebenarnya membayar cukup mahal. Serangan Belanda ini telah menuai kritik dari berbagai negara. Dengan taktik perang kilat, Belanda melancarkan serangan di semua front RI. Serangan diawali dengan penerjunan pasukan-pasukan payung di Pangkalan Udara Maguwo dan dengan cepat berhasil menduduki ibu kota Yogyakarta. Presiden Sukarno dan Wakil Presiden Hatta memutuskan untuk tetap tinggal di ibukota, meskipun mereka tahu akan ditawan musuh. Alasannya, agar mereka dengan mudah ditemui oleh TNI, sehingga kegiatan diplomasi dapat berjalan terus. Di samping itu, Belanda tidak mungkin melancarkan serangan secara terus-menerus, karena Presiden dan Wakil Presiden sudah ada di tangan musuh.
Sementara itu, Panglima Besar Jenderal Sudirman yang sedang sakit harus dirawat oleh dr. Suwondo selaku dokter pribadinya di rumah di kampung Bintaran. Setelah mendengar Belanda melancarkan serangan, Jenderal Sudirman seperti timbul semangat baru. Ia mengingat janjinya saat menguncapkan sumpah saat dilantik sebagai panglima TNI akan memperjuangkan kedaulatan dan keutuhan NKRI sampai titik darah yang penghabisan. Maka ia bangkit dari tempat tidur dengan berucap: “komando kembali saya ambil alih”. Semua pasukan siap sesuai strategi yang telah direncanakan. Sudirman segera menuju istana Presiden di Gedung Agung. Rencananya untuk mengajak Presiden dan pimpinan yang lain untuk meninggalkan kota untuk bergerilya. Tetapi Presiden Sukarno tidak bersedia dan akan tetap di istana, sehingga akhirnya ditangkap Belanda.
Ketika mengetahui Presiden, Wakil Presiden, dan beberapa pemimpin lainnya ditangkap Belanda, maka Jenderal Sudirman dengan para pengawalnya pergi ke luar kota untuk mengadakan perang gerilya. Para ajudan yang menyertai Jenderal Sudirman, antara lain Suparjo Rustam dan Cokropranolo, dr. Suwondo. Sedangkan pasukan di bawah pimpinan Letkol Soeharto terus berusaha menghambat gerak maju pasukan Belanda. Sebelum berangkat ke luar kota Sudirman sempat memerintahkan Kapten Suparjo Rustam untuk menyampaikan sebuah perintah kilat dari panglima melalui RRI Yogyakarta yang ditujukan kepada semua anggota Angkatan Perang Republik Indonesia (APRI), yang konsepnya sudah ditulis tangan sendiri oleh Panglima Besar Sudirman. Isi perintah kilat itu sebagai berikut:
Peran PDRI : Penjaga Eksistensi RI
Pada saat terjadi agresi militer Belanda II, Presiden Sukarno telah membuat mandat kepada Syafruddin Prawiranegara yang ketika itu berada di Bukittinggi untuk membentuk pemerintah darurat. Sukarno mengirimkan mandat serupa kepada Mr. Maramis dan Dr. Sudarsono yang sedang berada di New Delhi, India apabila pembentukan PDRI di Sumatra mengalami kegagalan. Namun, Syafruddin berhasil mendeklarasi berdirinya Pemerintah Darurat Republik Indonesia ini dilakukan di Kabupaten Lima Puluh Kota pada tanggal 19 Desember 1948.
Susunan pemerintahannya antara lain sebagai berikut:
- Mr. Syafruddin Prawiranegara sebagai ketua merangkap Perdana Menteri, Menteri Pertahanan dan Menteri Penerangan;
- Mr. T.M. Hassan sebagai wakil ketua merangkap Menteri Dalam Negeri, Menteri Pendidikan, dan Menteri Agama;
- Ir. S.M. Rasyid sebagai Menteri Keamanan merangkap Menteri Sosial, Pembangunan dan Pemuda;
- Mr. Lukman Hakim sebagai Menteri Keuangan merangkap Menteri Kehakiman;
- Ir. Sitompul sebagai Menteri Pekerjaan Umum merangkap Menteri Kesehatan;
- Maryono Danubroto sebagai Sekretaris PDRI;
- Jenderal Sudirman sebagai Panglima Besar;
- Kolonel A.H. Nasution sebagai Panglima Tentara Teritorial Jawa; dan
- Kolonel Hidayat sebagai Panglima Tentara Teritorial Sumatra.
PDRI dapat berfungsi sebagai mandataris kekuasaan pemerintah RI dan berperan sebagai pemerintah pusat. PDRI juga berperan sebagai kunci dalam mengatur arus informasi, sehingga mata rantai komunikasi tidak terputus dari daerah yang satu ke daerah yang lain. Radiogram mengenai masih berdirinya PDRI dikirimkan kepada Ketua Konferensi Asia, Pandit Jawaharlal Nehru oleh Radio Rimba Raya yang berada di Aceh Tengah pada tanggal 23 Januari 1948. PDRI juga berhasil menjalin hubungan dan berbagi tugas dengan perwakilan RI di India. Dari India informasi-informasi tentang keberadaan dan perjuangan bangsa dan negara RI dapat disebarluaskan ke berbagai penjuru dunia. Terbukalah mata dunia mengenai keadaan RI yang sesungguhnya.
Konflik antara Indonesia dengan Belanda masih terus berlanjut. Namun semakin terbukanya mata dunia terkait dengan konflik itu, menempatkan posisi Indonesia semakin menguntungkan. Untuk mempercepat penyelesaikan konflik ini maka oleh DK PBB dibentuklah UNCI (United Nations Commission for Indonesia) atau Komisi PBB untuk Indonesia sebagai pengganti KTN. UNCI ini memiliki kekuasaan yang lebih besar dibanding KTN. UNCI berhak mengambil keputusan yang mengikat atas dasar suara mayoritas.
UNCI memiliki tugas dan kekuasaan sebagai berikut:
- memberi rekomendasi kepada DK PBB dan pihak-pihak yang bersengketa (Indonesia dan Belanda);
- membantu mereka yang bersengketa untuk mengambil keputusan dan melaksanakan resolusi DK PBB;
- mengajukan saran kepada DK PBB mengenai cara-cara yang dianggap terbaik untuk mengalihkan kekuasaan di Indonesia berlangsung secara aman dan tenteram;
- membantu memulihkan kekuasaan pemerintah RI dengan segera;
- mengajukan rekomendasi kepada DK PBB mengenai bantuan yang dapat diberikan untuk membantu keadaan ekonomi penduduk di daerah-daerah yang diserahkan kembali kepada RI;
- memberikan saran tentang pemakaian tentara Belanda di daerah-daerah yang dianggap perlu demi ketenteraman rakyat; dan g) mengawasi pemilihan umum, bila di wilayah Indonesia diadakan pemilihan.
Ketika Presidan, Wakil presiden dan pembesar-pembesar Republik ditawan Belanda di Bangka, delegasi BFO (Bijzonder Federaal Overleg) mengunjungi mereka dan mengadakan perundingan, UNCI mengumumkan bahwa delegasi-delegasi Republik, Belanda dan BFO telah mencapai persetujuan pendapat mengenai akan diselenggarakannya KMB. UNCI juga berhasil menjadi mediator dalam KMB. Bahkan peranan itu juga tampak sampai penyerahan dan pemulihan kekuasaan Pemerintah RI di Indonesia.
Kalau para pemimpin pemerintahan seperti Presiden Sukarno, Wakil Presiden Moh. Hatta dan beberapa menteri ditangkap Belanda, Panglima Besar Sudirman yang dalam kondisi sakit hanya dengan satu paru-paru justru tetap teguh untuk memimpin perang gerilya. Ia dan rombongan melakukan perjalanan dan pergerakan dari Yogyakarta menuju Gunungkidul dengan melewati beberapa kecamatan, menuju Pracimantoro, Wonogiri, Ponorogo, Trenggalek dan Kediri. Dalam gerakan gerilya dengan satu paru-paru itu Sudirman kadang harus ditandu atau dipapah oleh pengawal masuk hutan, naik gunung, turun jurang harus memimpin pasukan, memberikan motivasi dan komando kepada TNI dan para pejuang untuk terus mempertahankan tegaknya panji-panji NKRI. Dari Kediri lalu memutar kembali melewati Trenggalek, terus melakukan perjalanan sampai akhirnya di Sobo. Di tempat ini telah dijadikan markas gerilya sampai saat Presiden dan Wakil Presiden dengan beberapa menteri kembali ke Yogyakarta.